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「国からお金がもらえる助成金、要件さえ満たしていれば自社でも申請できるだろう」 そう考えて、自社で手続きを進めようとしていませんか？

実は、厚生労働省が管轄する雇用関係の助成金は、補助金などに比べて「書類審査が非常に厳しい」ことで有名です。要件を満たしているはずなのに、たった一つの書類の不備やタイミングのズレで「不支給（1円ももらえない）」になってしまうケースが後を絶ちません。

本コラムでは、年間多くの労務相談を受ける社労士の視点から、助成金申請でよくある不支給理由5選を徹底解説します。自社で申請を検討している方は、取り返しのつかない大損をする前に必ずチェックしてください。

助成金申請でよくある不支給理由5選

1. 1日でも遅れたらアウト！「申請期限の徒過（遅れ）」

助成金には、非常に厳格な「申請期間」が設けられています。 「今月は決算で忙しかったから来週出そう」「必要書類を集めるのに時間がかかって、期限を1日過ぎてしまった」……これは一切通用しません。

ここが落とし穴！

郵送の場合の「消印有効」なのか「必着」なのかの勘違い、電子申請（GビズID）のシステム混雑によるタイムアウトなどもすべて自己責任となります。1日の遅れで数十万円〜数百万円の受給チャンスが水の泡になります。

2. 申請前後に「会社都合の解雇」があった

多くの雇用関係助成金には、「申請前後の一定期間に、会社都合による解雇（退職）者がいないこと」という高いハードルがあります。国の助成金は「雇用の維持・安定」が目的だからです。

• ここが落とし穴！

• 「うちはクビなんて一人も出していないから大丈夫」と思っていても、従業員と揉めて辞めさせたケースや、退職勧奨（やんわりと退職を促す行為）に応じて従業員が合意退職した場合も「会社都合」とみなされることがあります。また、ハローワークで離職票を発行する際、離職理由の選択を誤って会社都合にしてしまう初歩的なミスも多発しています。

3. 就業規則の「文言ミス」や「変更タイミング」のズレ

キャリアアップ助成金などを筆頭に、多くの助成金では「就業規則（または内規）への規定」が必須です。しかし、この内容が役所の求めるマニュアル通りになっていないと一発でハネられます。

• ここが落とし穴！

• ネットで拾ってきた雛形をそのまま使ったり、他社の就業規則を真似したりした場合、法律の最新基準（2026年現在の最新法改正など）に適合していなかったり、助成金の審査官が求める「一言」が抜けているだけで不支給になります。また、「対象者を正社員化する前に、就業規則を労基署へ届け出ておく必要があった」など、手続きの順番（タイミング）のミスも致命傷になります。

4. 残業代未払いや労働保険料の「未納（法令違反）」

助成金の財源は、企業が支払っている「労働保険料」です。そのため、会社自体が法律を遵守していない（労働基準法違反がある）場合、国はお金をくれません。

• ここが落とし穴！

  • 労働保険料（労災保険・雇用保険）を滞納している

  • 過去に労働基準監督署から是正勧告を受け、改善していない

  • 「固定残業代（みなし残業）」の運用が不適切で、実質的な残業代未払いが発生している これらが審査の段階で発覚すると、その時点で即不支給が決定します。

5. 賃金台帳や出勤簿の不備・「給与計算のミス」

不支給理由として特に多いのが、「給与計算の誤り」と「出勤簿（タイムカード）の不備」です。 助成金の審査では、対象期間中の「賃金台帳」と「出勤簿」を1分・1円単位で細かく突き合わせてチェックされます。

• ここが落とし穴！

  • タイムカードの打刻漏れ（手書きで修正した跡があり、労働時間の客観的な証明ができない）

  • 残業代の割増率（1.25倍など）の計算が、1円未満の端数処理の違いで間違っている

  • 基本給が変わったのに、各種手当（通勤手当や役職手当）を反映した割増単価の再計算ができていない

  審査官はプロです。「市販の給与計算ソフトを使っているから大丈夫」と思っていても、初期設定や手当の除外設定が間違っていれば、出力される賃金台帳もすべて「違法な状態」になります。ここで「法律通りの正しい給与計算ができていない」と判断されれば、弁明の余地なく不支給となります。

助成金を受給するためのロードマップ

自社での申請は、一見すると「社労士への手数料（報酬）」を節約できるように見えます。しかし、上記のようなリスクを抱えながら、慣れない書類作りに何十時間も費やした挙句、「結果は不支給、費やした時間はすべてタダ働き」になってしまう経営者様が非常に多いのが現実です。

助成金を確実に受け取るためには、以下の3つの体制が不可欠です。

1. 日頃から1分単位の正しい勤怠管理を行うこと

2. 法改正に準拠した、最新の給与計算・就業規則を維持すること

3. 申請スケジュールから逆算し、事前の計画書提出を絶対忘れないこと

「うちの賃金台帳と出勤簿、役所の審査に出しても本当に大丈夫かな…？」 そう少しでも不安に思われたら、まずはプロへの相談をおすすめします。

助成金申請と給与計算の適正化は、社労士事務所SunOfficeにお任せください

社労士事務所SunOfficeでは、単なる助成金の申請代行にとどまらず、「正確な給与計算・労務管理の体制づくり」からトータルでサポートしています。

せっかくの受給チャンスを、書類の不備や計算ミスで無駄にさせません。

• 「自社がどの助成金をもらえる条件にあるか知りたい」

• 「今の給与計算や就業規則で不支給にならないかチェックしてほしい」

という経営者様は、ぜひ一度、当事務所の「無料助成金診断・労務チェック」をご活用ください。御社の頼れる労務パートナーとして、確実な資金調達と健全な労務環境づくりを全力でバックアップいたします。

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